До появления кыргызов в средней Азии, здесь произошла смена нескольких культур и народов. Этот процесс начался с влияния греческой культуры после завоевания Средней Азии Александром Македонским. Затем на сцену вышли народы Юечжи, которых заменили Xiongnu. В 201 году до нашей эры Xiongnu завоевали кыргызов. В составе Xiongnu империи кыргызы участвовали в нескольких войнах против империи Хань (Китай), но безуспешно. В 57 году нашей эры кыргызы смогли восстать против самой империи Xiongnu и одержать относительную победу, однако в 36 году князь Ханской империи Жижи подчинил кыргызов. Только в 89 году на Алтае кыргызы смогли освободиться от власти империй.
Кыргызы несколько веков развивали свою государственность, пока снова не попали под зависимость Жуан-жуаней (протомонголы, также известные как Rouran). В пятом веке кыргызы вместе с другими тюркскими народами восстали против Жуанжуаней, но не добились успеха. Примерно к середине 6 века Көктюрки разгромили жуанжуаней и началась эпоха восхождения конфедерации тюркских племен.
В 6 веке кыргызы сделали безуспешную попытку выйти из конфедерации тюркских народов, которая называлась Первый Тюркский Каганат. В 688 году кыргызы вместе с коалицией других племен (кюриканцы и токуз огузы) снова попытались выйти из состава Второго Тюркского Каганата, но не смогли. Спустя 7 лет кыргызы смогли создать Енисейский Кыргызский Каганат, но Второй Тюркский Каганат восстановил контроль над кыргызами в 710 году.
Второй Тюркский Каганат распался в середине 8 века, и на его месте появились Кыргызский Каганат и Уйгурский Каганат. В борьбе за власть над распавшимся каганатом сначала взяли верх древние уйгуры в 751 году, и кыргызы оказались под властью уйгуров почти 70 лет. В 840 году кыргызы победили уйгуров и установили свою власть над обширной территорией. В промежутке 848-924 года, завоевав несколько других племенных союзов, кыргызы достигли своего пика доминирования. В последние периоды каганата некоторые высшие кыргызские правители гордились тем, что они являются потомками китайского генерала.
Об этимологии слова «түрк» (также имеющего варианты төрөк, түрүк, түйе, түрүк, түркүт и т.д.) существует несколько гипотез. Разные авторы предлагают разные значения данного слова, включая «крепкий», «сильный», «рожденный», «созданный», «зрелый», «защищенный». Византийские источники объединяли тюрков под общим названием «скифы». Автор данной статьи выдвигает еще одну версию, связав версию төрөк (török) с основанием «төрө», то есть «знатный». Окончание -к могло появиться через язык хуннов (или мажаров), которое является окончанием для множественного числа.
В период 840—1212 годов в средней Азии возникло государство Караханидов, которые оказали влияние на кыргызов. Нет ясного ответа, кем были караханиды этнолингвистически, но под их правлением увеличилось количество слов из персидского и арабского языка. Караханиды разделились на две части к середине 11 века.
В 1124—1218 годах на территории современного Кыргызстана также процветало государство Каракитаи (или кидани), которое управлялось из столицы Баласагун. Под непосредственным контролем гурхана, верховного правителя ханства, находились южные земли Семиречья, Кульджинский край и северо-восточная часть Сырдарьинской области. Остальные территории, включающие большую часть ханства, находились под управлением автономных вассальных княжеств и народов, таких как карлуки, Хорезм, Гаочан и другие.
Административные структуры Каракитаев сильно влияли китайскую империю Ляо, что отразилось в многих элементах управления, включая названия чинов и титулов. Несмотря на это, существовали и мусульманские титулы, например, «везир». Господствовала китайская система налогообложения населения, а монета выпускалась по образцу киданьской. Гурхан мало вмешивался в управление и экономику своих земель, ограничиваясь сбором налогов и дани. Местные правители, как знак покорности гурхану, носили на груди серебряную дощечку.
Гурхан строго следил за распределением власти и не раздавал уделов своим родственникам и сторонникам, опасаясь их возможного восстания. Он также не доверял командованию отрядами, состоящими из более 100 воинов, за исключением крупных военных кампаний. В стране преобладали феодальные отношения с родовыми корнями. Воинам впервые начали выплачивать жалование, что способствовало поддержанию дисциплины в войске. Военное дело каракиданей сильно зависело от влияния Китая, что сказывалось на их тактике и военных стратегиях.
Государство Каракитаи сыграло значительную роль в истории Средней Азии и в том числе на территории современного Кыргызстана. Его правление оставило следы в культуре и административных структурах региона, а его взаимодействия с китайской империей привнесли важные элементы в историю этого народа.
В 1207 году кыргызы добровольно вошли в состав империи Чингизхана. Однако их ожидания от монгольской власти не оправдались, и они начали восставать против неё. Кыргызы совершили несколько безуспешных восстаний против монгольской империи в 1218, 1261, 1273 и 1293 годах. После последнего восстания, Кубулай хан хотел уничтожить кыргызов, но под покровительством Кайду хана из Чагатайского улуса кыргызы избежали трагедии и были насильно переселены в Монголию, Тянь-Шань и Манжурию.
В период распада империи Чынгызхана, енисейские кыргызы старались сохранить независимость от монгольских племен. Оказавшись между монголами и русскими, кыргызы сделали несколько попыток сохранить свою независимость. На рубеже XVII века население сибирских кыргызов составляло относительно небольшое число - всего около полторы тысячи человек. Эти люди были представителями знати и происходили из рода, который уходил своими корнями в истоки от Ли Лина. Кыргызы занимали кочевые территории, главным образом, на Белом Июсе и вокруг Теңиркуля, где располагалась ставка кыргызского князя Номчи, известная как "Каменный городок". На сегодняшний день на вершине сопки, в 3 километрах к востоку от берега Большого Озера, сохранились стены этой крепости, построенные из плит красного песчаника.
Несмотря на своё небольшое число, кыргызы держали в своей власти значительно более многочисленные народы, хотя точное количество подчиненных народов остается неизвестным. Князья кыргызов находились в вассальной зависимости от могущественного монгольского ханства Алтын-хана и выплачивали дань ему.
Кыргызы смогли противостоять экспансии русских почти 30 лет. Они сильно сопротивлялись русскому влиянию, особенно под руководством Номчу хаана, затем его сына Ишей Бека и внука Эренек бека, который не был ханом, но беком (князем) и зависел от Джунгаров. Имя Номчу до сих пор известно у тувинцев и даже является их героем эпоса. Номчу держал многочисленных кыштымов (зависимых племен), с которых собирал албан (дань). Но некоторые кыштымы быстро перешли к русским из-за их лучшего вооружения. Вооруженные стрелами, кыргызы не смогли противостоять русским винтовкам и их сплоченности, которые пытались разделить тюркоязычные народы и добились этого, так как многие татары и другие народы подчинились Московскому царю.
На Енисее кыргызы проживали длительное время, практически до XVIII века, а затем стали известны под различными именами, такими как хакасы, тувинцы, шорцы, алтайцы и другие. В течение XII-XVI веков, благодаря слиянию кыргызов из Центральной Азии с местными тюркоязычными племенами, такими как дулу, нушиби, тюргеши, карлуки, ягма, чигили, тухси и другими, а также приходу енисейских кыргызов, сформировался кыргызский народ.
Джунгары также пытались подчинить среднеазиатских кыргызов. В XVIII веке временно оттеснённые джунгарами со своих северных территорий, киргизы не прекратили борьбу и совместно с Кокандским ханством сумели организовать отпор дальнейшей экспансии Джунгарского ханства и империи Цин. В начале XIX века вся территория современной Киргизии вошла в состав Кокандского ханства.
К кoнцу 19-го века Кокандское ханство начало раcпaдaться вследствие дворовых интриг и диверсий. К тoму же двухлетнее вoсстание кыргызов в 1842-1844 годах и последующее установление нeзависимoгo от Коканда кыргызского ханства привели к окончанию ханства. К тoму времени Российская империя начала захватывать территории казахов. Предложение казахского хана Кенесары вместе выступить против русских не было поддержано кыргызами. Попытка Кенесары насильно заставить кыргызов присоединиться против русских вызвала ответную реакцию. В это время Россия сначала захватила Казахстан, затем ликвидировала Кокандское ханство в 1876 году. Между тем среди северных кыргызов вспыхнула гражданская война, что ускорило полную колонизацию кыргызов Российской империей. Последние попытки сохранить независимость от русских предприняли «басмачи», которые себя называли «Свободный Туркестан». Однако они были разбиты, а остатки изгнаны из Средней Азии.
