Исходя из того, что после революции 7 апреля, политические процессы в Кыргызстане приобретают все более динамичный и непредсказуемый характер, основной угрозой для стабильности Кыргызстана помимо внешнего фактора, а это пробакиевские силы, религиозный экстремизм, остается риск от внутреннего фактора - политических партий, различных движений, групп националистического характера, ОПГ, некоторых временных представителей во власти. Именно внутренний фактор может сыграть основную  роль дестабилизатора политической ситуации.

В Кыргызстане в настоящее время идет ценностное переустройство всего общества, характеризующиеся системным кризисом, неустойчивостью институтов власти. Развитие протестного политического процесса в стране, равно как и участие в нем религиозного фактора будет и в дальнейшем набирать силу. Кыргызстан оказался наиболее благоприятной страной для деятельности различных исламских течений, в том числе и политических. По нашему мнению, главной проблемой, с которой неминуемо придется столкнуться государству, так это с растущим намерением основной массы мусульман, отстаивать свое право на учет интересов в общественно-политической жизни страны. Сложные процессы в религиозной и духовной сферах, и, в первую очередь, социально-экономические и политические факторы сказались на роли ислама в политической жизни страны, наблюдается кризис традиционного духовенства (ДУМ), так как государство по старой схеме удовлетворяется осуществлением контроля над центральным институтом духовенства, между тем как идет децентрализация (рост авторитета и влияния религиозных организаций, неподконтрольных ДУМ Кыргызстана).

До сих пор не ясно определена позиция государства в отношении религии, ее роли в обществе, а также религиозных организаций, в том числе политического "умеренного" ислама, т. е. не определены рамки, правила и условия для такого сотрудничества.

Одни видят в этом источник развития, другие фактор дестабилизации.

Нельзя забывать и то, что Кыргызстан по сути превратился в площадку геополитических игр с участием ведущих держав мира, которые работают с лидерами партий, движений. Страны НАТО во главе с США будут стремится расширить  свое военно-политическое влияние не только на Кыргызстан, но и на Ферганскую долину, используя при этом "угрозу религиозного экстремизма". С другой стороны Россия также усиливает свое присутствие.

На сегодняшний день у властей пока нет возможности не только проецировать внутриполитическую  ситуацию в русле обеспечения национальной безопасности, стабильности, но и во время реагировать на происходящие события. К сожалению, пока нет четких озвученных механизмов обеспечения режима безопасности в случае ухудшения ситуации на Юге в ближайшие месяцы связанной с угрозой террористических атак  и т.п.

Основной вопрос заключается не столько в военно-техническом обеспечении безопасности, но в первую очередь подготовке базы для идейного, религиозно-правового противодействия тем силам, которые работают на разжигание новых конфликтов на основе межнационального противостояния, экстремисткой деятельности, а также актам мести  с религиозной окраской.

Необходимость устранения национальных барьеров в мусульманской среде очевидна, но требует больших усилий, которые должны подкрепляться практическими шагами официальных органов страны. Стоит также отметить, что появление прогрессивной светской политической прослойки из мусульманских лидеров, будет способствовать постепенной нейтрализации продолжающегося процесса радикализации  на Юге. Возможность выхода ислама в сферу легальной политики, а также перспективы учета интересов мусульманской общины в общественной жизни страны, позволит оттянуть значительную часть мусульман независимо от национальной принадлежности, входящих в состав радикальных религиозных организаций, или  стоящих на позициях мести, или партизанской войны под религиозным прикрытиям  на умеренные позиции. То есть  уже сейчас необходимо разрабатывать, как мы будем идеологически противодействовать радикальным идеологиям - путем доведения до масс ценности умеренного Ислама. Безусловно, этот процесс носит долгосрочный характер, но, его не следует исключать из перечня возможных мер противодействия дальнейшей радикализации населения на Юге Кыргызстана.